Evaluation of Polymorphisms in the TH, DNTBP1 and DRD2 genes in Ecuadorian Schizophrenic Patients

Jennyfer M. García-Cárdenas1, Alejandro Cabrera-Andrade1, Andrés López-Cortés1, Samantha Vargas-Luna2, Fabián Porras- Borja3, David Moscoso4, José Luis Ibáñez4, Erika Pasquel4, Carolina Salazar1, Santiago Guerrero1, Ana Karina Zambrano1, Patricia Guevara-Ramírez1, Diana Abigail González1, Paola E. Leone1, César Paz-y-Miño1* 1 Centro de Investigación Genética y Genómica, Facultad de Ciencias de la Salud Eugenio Espejo, Universidad Tecnológica Equinoccial 2 Facultad de Ingeniería y Ciencias Agropecuarias, Biotecnología, Universidad de las Américas 3 Laboratorio de Citogenética, Centro Especializado en Genética Médica (CEGEMED), Ministerio de Salud Pública 4 Instituto Psiquiátrico Sagrado Corazón

https://www.jscimedcentral.com/Bioinformatics/bioinformatics-2-1025.pdf

Abstract Schizophrenia is a serious mental disorder affecting 1% of the world’s population. The development of the disease is related to both genetic and environmental factors. Several studies have identified a number of candidate genes with key molecular components involved in neurotransmission pathways, as is the case of DRD2, TH and DNTBP1 genes. Results from several studies are often controversial or inconclusive. We aimed to determine the frequency of the following SNPs: rs1801028, rs6275, rs6277, rs1079597, rs6356, rs76240471, rs2070762, rs2619522, rs1011313, and rs760761in Ecuadorian schizophrenic individuals and to identify any association between these variants and the disease. Statistical analysis showed no association between the studied polymorphisms and schizophrenia. Besides of these already known 10 polymorphisms, we found 2 new SNPs which are not reported in the NCBISNP database, and they are located at position c.113.425.553 and c.2.165.110, and no correlation was found either. Even though we did not establish any positive associations, our findings are in line with those from other countries including India, China, Japan, Korea, Spain, Australia, and so on. We suggest that population heterogeneity, phenotypic heterogeneity and genetic-environmental interactions and most importantly the small sample size may have contributed to the failure of replication of association studies.

Resumen

Evaluación de polimorfismos en los genes TH, DNTBP1 y DRD2 en pacientes esquizofrénicos ecuatorianos

La esquizofrenia es un trastorno mental grave que afecta al 1% de la población mundial. El desarrollo de la enfermedad está relacionado con factores genéticos y ambientales. Varios estudios han identificado una serie de genes candidatos con componentes moleculares claves implicados en las vías de neurotransmisión, como es el caso de los genes DRD2, TH y DNTBP1. Los resultados de varios estudios a menudo son controvertidos o no concluyentes. El objetivo de esta investigación fue determinar la frecuencia de las siguientes variables genómicas: rs1801028, rs6275, rs6277, rs1079597, rs6356, rs76240471, rs2070762, rs2619522, rs1011313 y rs760761 en individuos esquizofrénicos ecuatorianos e identificar cualquier asociación entre estas variantes y la enfermedad. El análisis estadístico no mostró asociación entre los polimorfismos estudiados y la esquizofrenia. Aunque, además de estos 10 polimorfismos ya conocidos, encontramos 2 nuevas variantes que no se informan en la base de datos NCBI-SNP, y están ubicados en la posición c.113.425.553 y c.2.165.110, pero tampoco se encontró correlación. Aunque no establecimos ninguna asociación positiva, nuestros hallazgos coinciden con los de otros países, como India, China, Japón, Corea, España, Australia, etc. Sugerimos que la heterogeneidad poblacional y las interacciones genético-ambientales son moduladoras de la estructuración genética de una población. Esto incrementa la importancia de realizar este tipo de estudio, más aún en el Ecuador donde la genética de enfermedades neurológicas es casi nula.

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