Citogenómica: Necesidad de concertar la metodología para la investigación y el diagnóstico

César Paz-y-Miño. Investigador en Genética y Genómica Médica, Universidad UTE, Quito

En un reciente artículo,  Yiping Wang y Thomas Liehr, en la revista Genes (2025) bajo el título "The Need for a Concert of Cytogenomic Methods in Chromosomic Research and Diagnostics" , los autores hacen una revisión crítica que defiende la necesidad de integrar múltiples métodos citogenómicos en la investigación y diagnóstico cromosómico humano. Argumentan que ninguna técnica por sí sola es suficiente para obtener una visión completa del genoma, y enfatizan la importancia de la citogenética tradicional frente a la creciente hegemonía de tecnologías de alto rendimiento como la secuenciación de nueva generación (NGS).

Esta posición, que ya hemos venido difundiendo y promoviendo en varias discusiones académicas, y fue parte de las ponencias en el Congreso de la Asociación Latinoamericana de Citogenómica Humana (ALACIH), en Asunción (23-26 de abril), coinciden totalmente con el artículo referido.

La nueva posición sobre las tecnologías genéticas, genómicas y citogenómicas, parte de rescatar su origen en el concepto de la "cromosómica", propuesto por Uwe Claussen en 2005, que enfatiza el estudio de los cambios morfológicos de los cromosomas y su impacto, la estructura tridimensional, la posición nuclear, la arquitectura y plasticidad de los cromosomas, que influyen en la expresión génica, la regulación epigenética y las  enfermedades humanas. La cromosómica, busca rescatar la dimensión morfológica de la genética, a menudo relegada frente al auge de la secuenciación.

La crisis de la citogenética clásica obedece a que las técnicas tradicionales (como el bandeo cromosómico, FISH, pintado de cromosomas) han sido injustamente consideradas obsoletas. Sin embargo, siguen siendo fundamentales para detectar aneuploidías, reorganizaciones balanceadas, variantes heterocromáticas y mosaicos celulares sutiles. Por otro lado, los métodos de alto rendimiento secuenciación masiva (NGS), micro chips (Arrays) y Mapeo Óptico Genómico (OGM), al no reemplazar completamente a las técnicas citogenéticas en términos de resolución estructural o interpretación funcional del genoma, posibilitan aseverar que la Citogenómica no ha muerto.

El propósito último de integrar tecnologías, es decir la Citogenética clásica (Cariotipo y FISH), la Genética molecular tradicional (PCR, Southern blot, secuenciación Sanger), y las Tecnologías modernas (CMA), NGS, OGM y fenotipado de próxima generación NGP) es el beneficio al paciente, al proporcionar mejores y más rápidos diagnósticos, abaratar costos y soñar, por ahora, que sean tecnologías de acceso equitativo y masivo.

Las técnicas de alto rendimiento descritas, son poderosas, pero no detectan, mosaicismos ni variantes heterocromáticas de forma confiable. La OGM y NGS son ciegas a regiones repetitivas del genoma. La interpretación sigue requiriendo intervención humana experta, lo que contradice la idea de que son más rentables o autónomas.

La propuesta es adentrarse en las bondades de las tecnologías, como Diagnóstico Prenatal y Postnatal y combinar FISH, citogenética y NGS para una mejor caracterización de aberraciones cromosómicas. Aplicar en Oncología como en leucemias y tumores sólidos, de manera similar combinando paneles moleculares con estudios clásicos como bandeo y FISH. Abordaje de la Infertilidad, valorando los mosaicismos, aneuploidías y translocaciones con citogenética, además de estudiar genes específicos. Así como otras aplicaciones que seguirán apareciendo, y desde nuestra perspectiva más racional, combinando todas en función de los pacientes.

Coincidimos totalmente con no apegarse al reduccionismo molecular, que denuncia el artículo de Genes, que además asevera y critica la narrativa dominante que presentan a las tecnologías de secuenciación como un “sistema genético universal”, ignorando sus limitaciones, como anotamos, por ejemplo las regiones heterocromáticas o variantes estructurales complejas, como el “caos” genómico que lo vemos con frecuencia en cánceres, producto de la inestabilidad del genoma y sus rearreglos complejos.

Adicionalmente a esto, existe una crisis formativa con una evidente falta de nuevos especialistas en citogenética, lo que debilita el análisis cromosómico, pese a que la carga de trabajo en laboratorios no ha disminuido.

Con beneplácito, quienes manejamos la Citogenómica y la Genómica, vemos que la nueva corriente, planteada por el artículo de Wang y Liehr, está acorde a la esencia de la ALACIH: una defensa apasionada de la formación recíproca entre genética molecular y citogenética. Comprender eventos meióticos, recurrencia, topología cromosómica y arquitectura nuclear sigue siendo esencial para la interpretación clínica y la innovación científica.

Debemos reivindicación a la citogenética, debemos rescatar ese abandono de la formación en citogenética. El análisis cromosómico en célula única (como el bandeo G) permite visualizar alteraciones estructurales que otras técnicas no detectan. Insistimos que la secuenciación no reemplaza la visualización cromosómica, y ambas deben coexistir.

En la conclusión de Genes, se cita a la genetista Yassmine Akkari (directora sénior del Instituto de Medicina Genómica del Nationwide Children's Hospital, Ohio University) que dice: “La citogenética no está muerta. Es la ciencia de los cromosomas, y ninguna otra herramienta puede reemplazar completamente su función”, y esto porque la genómica moderna apuesta por la velocidad y la miniaturización, pero mirar al microscopio, literalmente, sigue teniendo sentido.

En un mundo donde los genomas se convierten en líneas de texto, el artículo, y suscribo, nos recuerda que el genoma también tiene forma, volumen, jerarquía y contexto, y que sin su estudio morfológico, nos arriesgamos a perder la visión completa de la biología humana.